Lise eğitimini İzmir Atatürk Lisesi'nde yaptı. Daha sonra Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi iktisat ve maliye bölümlerini bitirdi. Paris ve Poitiers üniversitelerinde doktora öğrenimini tamamladı. Yurt dışında bulunduğu süre boyunca; azgelişmişlik, emperyalizm ve kapitalizmden sosyalizme geçiş sorunları üzerine birçok araştırma yaptı. Abant Izzet Baysal Üniversitesi iktisat bölümü öğretim üyesi iken Paradigmanın İflası adlı kitabından ötürü Terörle Mücadele Yasası'na muhalefetten 20 ay hapis cezasına çarptırıldı. 2006 yılında Kültür ve Turizm Bakanlığı, Başkaya'nın 'Paradigmanın İflası' adlı kitabına sesli kitap projesinde yer verdi. Fikret Başkaya 2007 yılı itibarıyla Özgür Üniversite'nin başkanlığı görevini sürdürmekte ve bu kuruluşta gönüllü olarak ders vermektedir.
